推行阿米巴经营模式，不仅要合理划分阿米巴组织，建立经营会计核算体系，更重要的是树立并践行“敬天爱人”的经营哲学。
若仅从工具方法层面认识和推行阿米巴经营模式，那么经营者就会陷入无休止的纷争和矛盾之中。有些企业的经营者在推行流程化、规范化管理多年后，收效甚微。为了简化管理，分解责任，转而推行类似于阿米巴经营模式的部门承包、分厂承包制。因划小经营核算单位导致沟通困难，核算复杂，内耗增加，使完整的企业价值链变得支离破碎，这种状况非常多见。
“敬天“的含义是深刻理解并遵循企业经营管理、人的心理行为的规律。我们应该意识到，违反社会的规律，靠制度、规范、惩罚、检查等手段硬性改造一个组织或个人，其效果是极其有限的，甚至于以失败而告终。我们需要做的是在深刻认知规律的基础上，合理地利用“善”的部分，抑制或规避“恶”的部分。
例如，销售部门和制造部门作为两个独立核算的阿米巴组织，销售部门的收入采用销售收入提成的方式还是由制造部门支付的佣金方式更有利于阿米巴组织经营？
如果销售部门采用销售收入提成的方式，遇到砍价非常狠的客户，为了拿到订单，实现业绩，基本上会很快让步，直至公司给的最低限价。销售提成一般只占订单金额很小的比例，订单金额的变化对销售提成的影响相对较小。销售部门拿到了自己的收入，把利润极其微薄的订单交给制造部门去承接。后面的事情与他没有关系了。而制造部门没有直接感受到市场的压力，会整日抱怨销售部门拿回的订单都是不赚钱的，感到是被销售部门逼的不得不降低成本。部门之间的纠纷和矛盾不断加剧。
如果由制造部门从其制造收入中拿出一定比例，以佣金的形式支付销售部门收益，则可以消除对立。遇到砍价非常狠的客户，销售部门会与制造部门一起研究报价策略，一起分析哪里有压缩成本的潜力，降价能到什么程度。销售部门会努力争取较高的订单金额，使得制造部门的从订单中获得相对高的制造收入，自身从中获得的佣金也可以上升。制造部门直接感受到市场的压力，会主动寻找降成本的措施，与销售部门齐心协力签下订单。
在京瓷经营会计体系中，生产工人的工资是不列入阿米巴的经营会计报表中的。理由是工资是招工时确定的，各阿米巴组织没有办法决定和调整。但是，阿米巴的经营会计报表中会显示单位时间价值，即完成这一笔订单，投入的人力在单位时间内创造了多少价值，引导阿米巴组织分析工作效率的潜力，找到提质增效的方法，这也是顺应经营管理规律的体现。
“爱人”指爱护员工，把他们当作自己的生意伙伴，通过帮助每个人成功，实现公司经营的成功。企业除了为股东创造价值、服务社会之外，还要保障员工及其家庭的生活，并为其谋幸福。因此，稻盛和夫将京瓷的经营理念定为：应在追求全体员工物资与精神两方面幸福的同时，为人类和社会进步与发展做出贡献。
在推行阿米巴经营模式时，要同步开展员工队伍的能力建设，帮助各阿米巴组织负责人提高人力资源管理能力、沟通谈判能力、经营分析能力、QC课题管理能力，并导入精益生产的工具和方法，帮助各阿米巴组织分析经营中的短板，挖掘提高效率、降低成本的潜力，打造肌肉型阿米巴。使各阿米巴不仅获得核算利润，而且提升自身的经营管理能力，企业的阿米巴经营模式进入良性循环。
“爱人”不仅指上级对下级的爱护，也包含阿米巴组织之间相互扶植。划分阿米巴组织之后，为了实现各自最大的经营利益，阿米巴之间有时也会出现竞争。如果阿米巴之间不能互帮互爱，就不可能发挥公司整体的力量。面对内部竞争和冲突时，不执着于嗔、贪、痴、慢、疑等想法，而是想想"作为人何谓正确"，根据"具有普遍性的，正确的为人之道"来做出判断，也许心中的魔障就自然消失了。
将“爱人”理念再升华，其中也包含着企业对社会、客户爱护的含义。企业用优质的产品和服务为客户创造价值，自然会赢得客户的信任和尊重，自身也能获得良好的业绩。
企业经营管理的最高境界是文化管理。文化是规则的灵魂，规则通过文化真正起作用。这个道理同样适用于阿米巴经营模式。稻盛和夫强调，企业经营以人心为基础，人心变化无常，但是一旦人心连接起来的话，将是世上最坚不可摧的。贯彻“敬天爱人“的经营哲学，才能凝心聚力，这是成功推行阿米巴经营模式的前提。
