1991年，楼滨龙领导方正已经走过了6年历程，公司生意是好的一塌糊涂，账面上的自有资金达到1.8亿—2亿元，因此被外界认为是中关村最有钱的公司。甚至到了1993年，上海的《文汇报》不得不发出感叹：“沪全部校办企业一年的经营额，不敌北京一家北大方正。”
但是人红是非多，当一家企业赚钱了之后，很多人都会盯着这家企业。而这家企业的产权问题从一开始就存在争议，因此矛盾也越来越多。
这就跟很多当时乡镇企业一样，企业做大之后，这家企业到底跟那些一手做起来的人有没有关系，或者说有多大关系？像顺德的容声冰箱创始人潘宁，是被一纸免职书直接强制退休，最后落得个伤心离国的下场。
而一手将方正做起来的楼滨龙，跟北大最大的矛盾就是在方正资金的使用上。当时方正账上的资金有2亿左右，这么一大笔资金是谁都会看着眼红。北大认为方正是校办企业，因此方正账上的钱就是北大的钱，北大有权使用。
而楼滨龙则认为，公司是一个独立存在的经营实体，学校没有权力无偿调拨公司的资金，公司的资金是为今后发展做准备的。学校可以向公司要钱，但是要有正规的名目，否则就是借款，还要向公司出具抵押物，例如北大的某座楼。
楼滨龙的这一番话让学校领导怒不可遏，曾经出钱让你们办企业，现在连调拨公司资金的权力都没有，你忘了是谁让你坐上这个位子的，你这个小人物能真是拎不清，北大校长可是能够‘通天’的人物，连副总理的办公室他能推门而入。
既然楼滨龙不听话，那就换一个人来坐这个位子。1992年7月1日，北京大学副校长李根模到方正公司宣布：“免去楼滨龙公司总裁职务，任命晏懋询为总裁。”
楼滨龙听到这个任免决定之后，心中夹杂着愤怒、不甘和失落，他用力的砸了一下桌子，吼道：“这绝对是一个阴谋。”愤怒归愤怒，在绝对权力面前，任何事都只能言听计从。
由于与学校关系降到冰点，楼滨龙离去后，公司将他从之前所有有关他的公开出版物、宣传品上全部抹去，不留一点痕迹，就当他从来没在方正历史上存在过一样。
晏懋询上台之后，但是有一个人不服，那就是张玉峰。晏懋询上台之前，是方正公司电脑门市部主任，而电脑部是由北达服务部转变而来，北达服务部却由张玉峰创办的。张玉峰本来是电脑门市部主任，但是由于其常年在深圳等地找货源，因此这个位子才让晏懋询坐了。
因此当晏懋询爬上总裁的位子，最不服气的就是张玉峰，因此他们俩就在公司内斗起来。晏懋询知道自己人气没有张玉峰高，因此就想获得公司最高层的支持，他时不时的在人前人后就说：“方正公司是由王选、晏懋询、张玉峰三驾马车组成的”。
但是仅凭这样，还是没能阻止自己的下台，因为公司最会赚钱的人是张玉峰，跟着张玉峰才有饭吃。1995年7月，张玉峰在方正公司总裁换届选举中夺得90%的选票，至此张玉峰如愿当上方正集团的第三任总裁。
张玉峰当上总裁之后，做事情就圆滑得多，他坚持认为公司就是北大的，他总是说公司有北大的靠山，事情会好办的多。甚至在北大举办某项活动的时候，他主动从方正拿出700万让北大举办活动之用。因此北大领导对张玉峰非常满意。
仅仅过去了一年，1996年7月1日，张玉峰向公司引荐贺文任公司总裁。第二年，张玉峰又任命张兆东接替贺文任公司总裁，这么做的目的就是张玉峰自己来当董事长。
但是到了1999年，公司业绩出现下滑的时候，方正内部又开始出现两派。一派是以王选为精神领袖的挺王派，另一派是以张玉峰为经营骨干的挺张派。由于两方实力相当，这两派谁也不服谁，在公司吵得乌烟瘴气。其实怕就怕两方实力悬殊不大，如果一方稍大，那么纷争也很容易解决。
挺王派要求罢免张玉峰香港董事的职务，挺李派要求王选必须辞去方正（香港）董事会主席的职务。最终闹到了北大干预的地步，北大领导索性一个不留，决定张玉峰和王选同时退出集团董事会，张保留了上海方正延中科技实业公司董事长的职务，王则保留了香港方正董事会主席的职务。这场闹剧才最终得以平复。
1999年王选和张玉峰退出集团后，北大副校长闵维方出任方正集团董事长，他有一个助理叫魏新，一位北大从事教育经济学研究的副教授，刚刚四十出头，出任副董事长。
但是这个时候 问题又来了，张玉峰虽然出局了，但是他出局之前却培养了一个人，他就是祝剑秋。祝当时是担任的是方正科技董事长、方正集团副总裁的职位。
可能说到方正科技，大家一下子不明所以，什么时候突然冒出一个方正科技。这个事情还要得从1998年说起，1998年方正集团在张玉峰主持下入主延中实业后，持股5%实现控股，随后注入方正集团最赚钱的业务方正电脑等优质资产，将其重组更名为方正科技。
方正集团却在随后来了一个高位减持套现，与关联方股权仅剩下4.36%，这就导致公司股权分散，控制力十分脆弱，为后来的觊觎者敞开了方便之门。
这个后来的觊觎者就是张玉峰的得力助手祝剑秋，当时祝剑秋在公司牛到了什么地步呢，副董事长魏新要求他汇报工作，还先必须通过祝的秘书进行安排，魏新本人还得亲自从北京到祝的上海办公室听祝汇报。一个集团公司的副董事长还要亲自跑到下属子公司听汇报，这还不牛上了天。
因此魏新想除掉祝剑秋。2001年，通过方正科技大股东张海的引荐，魏新第一次见到了懂金融的李友，魏新以方正集团改制机会引诱李友，最终让李友站在了他的一边。
2001年5月12日，李友调动北京裕兴、深圳凯地联合举牌方正科技。随后方正集团把李友纳入到方正科技的增补董事候选人之列。联手稳坐大股东位置的方正集团随后宣布罢免祝剑秋方正集团副总裁职务。
方正集团逐渐增持方正科技股份到11.91%，稳住控制权后，裕兴和凯地等六家举牌公司逐渐退出，由于李友的协助，方正科技最终没有被祝剑秋蚕食掉。而这一切都归属于魏新的能力，魏新不仅控制住了方正科技，并且还摆平了人事纷争。
2001年10月，魏新理所当然的出任方正集团董事长，同时亲任方正科技董事长。李友也当然被委以重任，出任方正集团总裁。北大方正正式进入了魏新+李友时代。
